Em março de 2006, Denise Abreu assumiu a diretoria de serviços aéreos da recém-criada Agência Nacional de Aviação Civil (ANAC). As investigações do acidente com o avião Airbus da TAM, que matou 199 pessoas em Congonhas, revelaram que Denise Abreu se mantinha próxima das empresas que deveria fiscalizar. Em fevereiro de 2007, a desembargadora paulista Cecília Marcondes, que julgava uma ação que restringia o pouso de aviões em Congonhas nos dias de chuva, recebeu de Denise Abreu um documento da ANAC como se fosse uma norma, mas era só um estudo técnico.